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牡丹江醫學院2021在全國本科院校排名第690位，強于第691名的池州學院，第692名的漢口學院，第693名的喀什大學，第694名的寧德師范學院，第695名的滇西科技師范學院。在黑龍江排第21名，強于第22名的齊齊哈爾醫學院，第23名的黑河學院，第24名的黑龍江東方學院，第25名的大慶師范學院，第26名的綏化學院。

競爭力排名 年份 全國本科排名 院校名稱 省份 省內排名 2021 690 牡丹江醫學院 黑龍江 21 2020 668 牡丹江醫學院 黑龍江 20 2019 694 牡丹江醫學院 黑龍江 22 2018 736 牡丹江醫學院 黑龍江 25 2017 698 牡丹江醫學院 黑龍江 25

綜合實力排名（校友會版）

在全國本科院校排名第560位，在黑龍江排第23名。

校友會排名 年份 全國本科排名 院校名稱 省份 省內排名 2020 560 牡丹江醫學院 黑龍江 23 2019 604 牡丹江醫學院 黑龍江 20 2018 518 牡丹江醫學院 黑龍江 19 2017 569 牡丹江醫學院 黑龍江 19

綜合實力排名（軟科版）

在全國本科院校排名第391位，在黑龍江排第13名。

軟科排名 年份 全國本科排名 院校名稱 省份 省內排名 2018 391 牡丹江醫學院 黑龍江 13 2017 474 牡丹江醫學院 黑龍江 17